学校创办于1977年6月，最初为福建省莆田地区师范学校福清分校，后更名为福建省莆田地区师范大专班，设址在1958年创办的原福清昌檀工业学校。1978年12月，教育部批准建立福建省莆田师范专科学校，学校成为国务院批准的我省首批四所师范高等专科学校之一；建校初期，为培养当时社会急需的中学师资，学校还曾在福清、莆田、仙游、长乐、永泰、闽清等地开设分班；1980年7月，学校更名为福清师范专科学校；1983年8月，学校并到福建师范大学，由师大统一领导，改名为福建师大二部；1984年6月，学校定名为福建师范大学福清分校，并沿用至今。

2000年，学校从师范专科教育发展为高职高专教育，实现办学转型；2002年，为满足我省经济社会发展对本科人才的迫切需求，省政府同意学校与福建师范大学联合招收本科生，法学等6个本科专业开始招生，开启了本科办学之路；2007年，学校全部招收全日制本二批次生源；2008年12月，学校以良好的成绩通过省教育厅本科教学工作水平评估；2009年，全面实现本科办学；2013年，福建师范大学将“食品生物化学工程二级学科”硕士点安排在学校招生。

  历经38年的发展，学校办学实现了从单一学科到多学科的转变，从专科到本科再到研究生办学的提升。